In der Zeit von Sommer 2005 bis Herbst 2006 befand sich die Orgel in der Orgelbauwerkstatt Krawinkel in Trendelburg/Deisel und wurde komplett restauriert. Die historische Farbgebung wurde wieder hergestellt. Die Kosten der Restaurierung beliefen sich auf knapp 100.000,- Euro. Durch Unterstützung der Landeskirche, der Sparkassenstiftung, der Kreissparkasse Northeim, der Volksbank Solling e. G., der Cronstetten-Stiftung und vielen Einzelspendern sowie der Veranstaltung von Benefizkonzerten ist es gelungen, diese für eine Dorfgemeinde hohe Summe aufzubringen. Bezüglich der Restaurierung sind zwei Besonderheiten zu nennen:
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Der am bisherigen Orgelgehäuse angebrachte Spielschrank ist nach Durchsicht der Orgelarchivalien nicht als historisch zu belegen. Er wurde deshalb bei der Restaurierung entfernt, sodass die Manualklaviatur und die Registerzüge wieder frei zu sehen sind.
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Ungewöhnlich bei dieser Meyer-Orgel ist, dass die beiden Register Mixtur und Sesquialtera nur einen einzigen Repetitionspunkt haben, und zwar zwischen h und c'. Allerdings gibt auch der ursprüngliche Kostenanschlag nichts her. Dort steht lediglich: "Sesquialter 1 ½ Fuß und zwey fach von vier löthigem Metall." - "Mixtur 1 Fuß und 3fach von gleichem Metall." Diese merkwürdige Repetition ist sowohl orgelbaufachlich als auch musikalisch nicht erklärbar. Selbst Meyer-Orgel-Kenner behaupten, diese Repetition nicht zu glauben, wenn sie sie nicht gesehen und gehört hätten. Bei der Restaurierung wurde deshalb bei beiden Registern zusätzlich ein Repetitionspunkt auf c° eingerichtet:
| Sesquialtera: | C | 1 1/3' | 4/5' | |
| | c° | 2 2/3' | 1 3/5' | |
| | c' | 5 1/3' | 3 1/5' | |
| Mixtur: | C | 1' | 1/3' | 1/2' |
| | c° | 2' | 1 1/3' | 1' |
| | c' | 4' | 2 2/3' | 2' |
Die entsprechenden Pfeifen der °Octave wurden mensurengerecht rekonstruiert. Das frei werdende Pfeifenwerk wurde nach Abschluss der Restaurierung ins Orgelwerk eingelagert.
